生物信息学

更新时间：类别：生物信息学

1、
生物信息学
2、
二级数据库
3、
FASTA序列格式
4、
genbank序列格式
5、
Entrez检索系统
6、
BLAST
7、
查询序列（query sequence）
8、
打分矩阵（scoring matrix）
9、
空位（gap）
10、
空位罚分
11、
E值
12、
低复杂度区域
13、
点矩阵（dot matrix）
14、
多序列比对
15、
分子钟
16、
系统发育分析
17、
进化树的二歧分叉结构
18、
系统发育图
19、
直系同源
20、
旁系（并系）同源
21、
外类群
22、
有根树
23、
除权配对算法（UPGMA）
24、
邻接法（neighbor-joining method）
25、
最大简约法（MP）
26、
最大似然法（ML）
27、
一致树（consensus tree）
28、
自举法检验（Bootstrap）
29、
开放阅读框（ORF）
30、
密码子偏好性（codon bias）
31、
基因预测的从头分析
32、
超家族
33、
模体（motif）
34、
序列表谱（profile）
35、
PAM矩阵
36、
BLOSUM矩阵
37、
PSI-BLAST
38、
RefSeq
39、
PDB（Protein Data Bank）
40、
GenPept
41、
折叠子（Fold）
42、
TrEMBL
43、
MMDB(Molecular Modeling Database)
44、
SCOP数据库
45、
PROSITE
46、
Gene Ontology 协会
47、
表谱（PSSM）
48、
比较基因组学
49、
简约信息位点
50、
一致序列
51、
HMM 隐马尔可夫模型
52、
信息位点
53、
非信息位点
54、
标度树
55、
非标度树
56、
无根树
57、
质谱（MS）
58、
分子途径
59、
虚拟细胞
60、
先导化合物
61、
权重矩阵（序列轮廓）
62、
系统发育学（phylogenetic）
63、
系统生物学（systems biology）
64、
蛋白质组（proteome）
65、
ESI电喷雾离子化
66、
鸟枪法测序（shotgun method）
67、
整体联配（global alignment）
68、
FASTA
69、
算法（algorithm）
70、
序列比对（alignment）
71、
多序列比对（multiple sequence alignment）
72、
最佳联配（optimal alignment）
73、
模块替换矩阵（BLUSUM）
74、
可接受点突变（PAM）
75、
互补序列（complementary sequence）
76、
保守序列（conserved sequence）
77、
邻接片段
78、
支架
79、
注释（annotation）
80、
基因预测（geneprediction）
81、
直系同源（Orthologous）
82、
旁系同源（paralogous）
83、
替换（substitution）
84、
表达序列标签（EST）
85、
序列模式（Motif）
86、
分子钟（molecular clock）
87、
系统发生（phylogeny）
88、
分子进化树（molecular evolutionary tree）
89、
常用的三种序列格式：（）
90、
初级序列数据库：（）
91、
提供蛋白质功能注释信息的数据库：（）（京都基因和基因组百科全书）和（）（蛋白质信息资源）
92、
目前由NCBI维护的大型文献资源是（）
93、
数据库常用的数据检索工具：（），（），DBG
94、
常用的序列搜索方法：（）和（）
95、
高分值局部联配的BLAST参数是（）（高分值片段对），（）（期望值）
96、
多序列联配的常用软件：（）
97、
蛋白质结构域家族的数据库有：（），（）
98、
系统发育学的研究方法有：（）
99、
系统发育树的构建方法：（）
100、
常用系统发育分析软件：（）
101、
检测系统发育树可靠性的技术：（）和（）
102、
（）和（）中的注释所涉及的问题是不同的
103、
检测原核生物ORF的程序：（）
104、
测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是（）（基因预测评估项目）
105、
二级结构的三种状态：（），（）和（）
106、
用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括（）
107、
通过比较建模预测蛋白质结构的软件有（）（SWISS—MODEL网站）
108、
蛋白质质谱数据搜索工具：（）
109、
分子途径最广泛数据库：（）
110、
聚类分析方法，分为有（）
111、
质谱的两个数据库搜索工具：（）和（）
112、
生物信息学的发展经历了哪几个阶段
113、
生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向有哪几个方面。
114、
序列的相似性与同源性有什么区别与联系？
115、
BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途
116、
简述BLAST搜索的算法思想。
117、
什么是物种的标记序列？
118、
什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）
119、
简述构建进化树的步骤，每一步列举1-2种使用的软件或统计学方法。
120、
简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。
121、
简述邻接法（NJ）构树的算法思想。
122、
简述最大简约法（MP）的算法思想。
123、
简述最大似然法（ML）的算法思想。
124、
UPGMA构树法不精确的原因是什么？
125、
在MEGA2软件中，提供了哪些碱基替换距离模型，试列举其中3种，解释其含义。
126、
如何用BLAST发现新基因？
127、
试述SCOP蛋白质分类方案
128、
试述SWISS-PROT中的数据来源。
129、
TrEMBL哪两个部分？
130、
试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。
131、
相比使用BLAST套件搜索数据库，BLAST2工具在结果呈现上有什么优点？
132、
MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为MEGE格式的多序列比对文件？
133、
什么简约信息位点Pi？
134、
以下软件的主要用途是什么？
135、
简述人工神经网络预测蛋白质二级结构的基本步骤。
136、
预测蛋白质三级结构的三种方法
137、
分子途径和网络的特点
138、
先导化合物的来源有四种来源
139、
简述DNA计算机的基本原理
140、
简述DNA计算实现方式中，表面方式与试管方式相比具有哪些优点？
141、
简述PCR引物设计的基本原则及其注意要点
142、
假设你得到一段未知基因的DNA序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未
143、
假设你得到一段未知蛋白的氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未
144、
BLAST中，E值和P值分别是什么，它们有什么意义？
145、
什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵，它们的作用是什么，一般BLAST选择使用的矩阵是
146、
为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？
147、
生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？
148、
简要介绍GenBank中的DNA序列格式。
149、
简要介绍FASTA序列格式
150、
生物信息学的目标和任务？
151、
生物信息学主要研究内容。
152、
为什么要构建生物分子数据库。
153、
预测基因的一般步骤是什么？
154、
生物信息学所用的方法和技术。
155、
国际上权威的核酸序列数据库有那些？
156、
生物信息学在基因芯片中的应用有哪些？
157、
生物信息学分析的数据对象主要有哪几种？这些数据之间存在着什么关系？
158、
基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义？
159、
在基因组序列分析方面，科学家关注哪些信息？
160、
为什么要进行序列片段组装？在进行序列片段组装时会遇到哪些问题？
161、
序列分析的任务和目的分别是什么？
162、
PCR引物设计有哪些原则？
163、
生物分子数据类型有哪些？
164、
生物信息学研究意义？
165、
DNA双螺旋结构模型的意义
166、
什么是序列比对？及其基本分类？
167、
简述人类基因组计划与生物信息学之间的相互促进关系。
168、
掌握蛋白质结构有什么意义？为什么要进行蛋白质结构预测？
169、
权重矩阵
170、
标度树（scaled tree）
171、
无根树（unrooted tree）
172、
距离法
173、
近邻
174、
序列注释
175、
折叠识别法
176、
简述生物类的数据库类别分为有哪两种及其定义
177、
简述KEGG的PATHWAYS数据库中包括的哪6种数据库？
178、
系统发育树的构建步骤是什么？
179、
简述在蛋白质三级结构预测中同源建模法的步骤。
180、
简述常用的引物设计软件的名称和各自特点。
181、
识别基因主要有两个途径即（）和（）。
182、
表达序列标签是从（）中生成的一些很短的序列（300-500bp），它们代表在特定组织或发育阶段表达的
183、
序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一
184、
2-DE的基本原理是根据蛋白质（）和（）不同，进行两次电泳将之分离。第一向是（），第二向是（）。
185、
蛋白质组研究的三大关键核心技术是（）、（）、（）。
186、
（）是现在国际上最主要的三大核酸序列数据库
187、
RFLP是DNA多态性中最多见的一种，它产生的机制包括（）
188、
下面序列哪些为反向重复序列（）
189、
分析EST序列时首要注意以下几点（）
190、
人类基因组计划要完成的几张图谱分别是（）
191、
最常用的序列相似性查询工具是（）
192、
下列哪些分子类型属于非蛋白质编码区（）
193、
卫星DNA的多态性是由（）所决定的。
194、
真核基因组特点包括（）
195、
20世纪三大著名计划包括（）
196、
如何检测DNA序列中潜在的CDS？
197、
EST能否代表一个新的基因？为什么？
198、
假设你得到一段未知蛋白氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知
199、
引物设计的基本原则有哪些，有哪些基本参数要考虑，最常用的引物设计软件是什么？
200、
试述蛋白质三维结构预测的三类方法
201、
基因芯片原理
202、
给定一条序列，简述使用BLAST进行序列比对分析的策略
203、
真核基因结构识别主要包含哪些内容？
204、
GEO数据库主要收集的是什么样的数据？
205、
UniGene数据库主要收集什么样的数据？
206、
NCBI维护的核苷酸数据库由哪几部分组成的，其主要的内容是什么？
207、
miRNA
208、
ncRNA
209、
HGP(human genome project)
210、
PubMed
211、
BioPerl
212、
linux operating system
213、
motif
214、
structure domain
215、
heptad repeat
216、
coiled coil
217、
CpG island
218、
3’UTR
219、
promoter
220、
ORF
221、
EST
222、
BioEdit
223、
MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
224、
maximum parsimony method
225、
neighbor—joining method
226、
gene tree
227、
molecular phylogenetic tree
228、
Ab initio prediction
229、
homology modeling
230、
SWLSS—MODE
231、
SRS(sequence retrieval system)
232、
Entrez
233、
Clustsl X
234、
BLASTp
235、
BLASTn
236、
DDBJ
237、
EMBL
238、
GenBank
239、
UTR的含义是（）。
240、
motif的含义是（）。
241、
algorithm的含义是（）。
242、
RGP是（）。
243、
下列Fasta格式正确的是（）。
244、
如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（）。
245、
Bioinformatics的含义是（）。
246、
GenBank中分类码PLN表示是（）。
247、
ortholog的含义是（）。
248、
从cDNA文库中获得的短序列是（）。
249、
contig的含义是（）。
250、
TAIR（AtDB）数据库是（）。

1
2
3
>>